Детектив Конан: Алое алиби

События сериала сосредоточены на девушке по кодовому имени Ноль Два. Она, как и другие персонажи в её окружении, идентифицируется подобным номерным обозначением. В начале повествования героиня страдает от частичной амнезии неясного происхождения. Единственное, что ей достоверно известно — факт её содержания под стражей. Предшествующие заключению события полностью стёрты из её памяти. Периодически Ноль Два вспоминает фрагменты, связанные с женщиной, исполнявшей роль её матери. Эта женщина сыграла значительную роль в её воспитании. Позже в памяти героини возникает эпизод, в котором та женщина принесла ей книгу с иллюстрациями.

Содержание книги не привлекло внимания Ноль Два, в отличие от изображений в ней. Выясняется, что несколько лет назад над героиней проводились нестандартные эксперименты в учреждении под названием «Сад». Эта лаборатория была местом проведения данных исследований. Находясь там, Ноль Два встречает мальчика по имени Хиро, имеющего кодовое имя Ноль Шестнадцать. Они совместно предпринимают попытку побега из лаборатории, но их задерживают практически сразу. В этот момент Хиро даёт обещание когда-нибудь жениться на Ноль Два.

После поимки беглецам полностью стирают память, в результате чего они забывают друг о друге. Однако позже у Ноль Два начинают возвращаться воспоминания о человеке, к которому она испытывала симпатию. Это побуждает её начать поиски, чтобы вновь его найти.