Третий сезон продолжает историю Нацуки Субару, который пытается найти ответы на возникшие у него вопросы. Ранее он оказался в альтернативном мире, где существуют магия и ведьмы, и познакомился с девушкой по имени Эмилия. Осознав, что его прежнее будущее недостижимо, Субару оказался вовлечен в события, способные изменить ход вещей. Его взаимодействия с различными персонажами, включая как союзников, так и опасных противников, выработали в нём осторожность и готовность действовать ради близких.
В новой сюжетной арке Субару приходит к пониманию, что его путь далёк от завершения, и ему предстоит сделать ряд выборов. Он продолжает противостоять могущественным силам, чтобы обеспечить безопасность Эмилии, однако эти конфликты являются лишь частью более масштабного противостояния. Другие влиятельные личности преследуют цели, которые могут привести к хаосу во всём мире. Параллельно Субару работает над укреплением отношений с союзниками, которые оказывают ему поддержку в поисках информации.
Действия противников также активизируются: они ищут уязвимые места Субару, чтобы нанести ему урон или воспрепятствовать его планам. Ситуация требует от него не только силы, но и стратегического мышления, поскольку ставки в продолжающемся конфликте продолжают возрастать.