Альтомар представляет собой столичный город, расположенный в водном пространстве. Помимо своего архитектурного облика, город известен легендой о двух уникальных покемонах, которые, согласно преданиям, обитают в его окрестностях. Сюжет аниме фокусируется на прибытии в Альтомар тренера Эша Кетчума и его покемона Пикачу. В ходе своего пребывания они встречают двух загадочных покемонов — Ратиасу и Ратиосу, которые, как выясняется, являются братом и сестрой. Эти покемоны обладают сильной эмоциональной связью, позволяющей им понимать чувства друг друга без слов.
На Ратиасу и Ратиосу обращают внимание сёстры Занна и Рион, известные как охотники за покемонами. Они планируют захватить этих редких существ. В процессе осуществления их планов в конфликт оказываются вовлечены Эш и его спутники. Ситуация осложняется тем, что легендарные покемоны связаны с артефактом, известным как «Капля души». Согласно информации, эта сила обладает потенциалом, позволяющим вызвать масштабное наводнение, угрожающее существованию Альтомара.
Параллельно с этими событиями на город совершает нападение покемон Деоксис. Дальнейшее развитие сюжета раскрывает взаимосвязь между атакой Деоксиса, охотниками за покемонами и тайной, которую хранят Ратиасу и Ратиосу. Разрешение конфликта зависит от действий Эша и его команды, которым предстоит противостоять угрозам и предотвратить возможную катастрофу.