Атри: Мои дорогие моменты

После смерти родителей и бабушки Икаруга остаётся один. В наследство он получает старый корабль и подводную лодку. Поскольку других средств к существованию у него нет, он вынужден самостоятельно заботиться о себе, используя это имущество. Вскоре Икаруга встречает девушку, которая также пытается получить наследство своей умершей бабушки. В её распоряжении имеется только карта с приблизительными координатами возможного местонахождения сокровища.

Икаруга и девушка отправляются на поиски, используя его корабль. Прибыв на указанное место, они обнаруживают не деньги или драгоценности, а старинный гроб, пролежавший, судя по всему, несколько столетий. Несмотря на это, они решают вскрыть его. Внутри гроба находится девушка, чья внешность и особенности указывают на то, что она является андроидом. Она представляется как Атри, но не может вспомнить ничего о своём прошлом.

Икаруга и его спутница принимают решение помочь Атри восстановить утраченные воспоминания. Для этого они начинают исследование, используя имеющиеся у них ресурсы и постепенно раскрывая информацию о происхождении андроида. Этот процесс приводит их к новым местам и ситуациям, в ходе которых раскрываются дополнительные детали о мире и их собственных судьбах.